理研、SGIなど、世界最高速、1ペタFLOPSのコンピュータシステム構築に成功

　独立行政法人理化学研究所（理研、野依良治理事長）と日本SGI（和泉法夫社長）、インテル（吉田和正／ロビー・スウィヌン共同社長）は6月19日、生物の分子の働きをシミュレーションし、その動きを計算する専用コンピュータシステム「MDGRAPE-3（エムディーグレープ・スリー）」の構築に成功したと発表した。

　システムの演算処理速度は「1ペタフロップス」。「1ペタフロップス」は、1秒間に1000兆回の演算を行う能力のこと。06年6月16日現在で第1位にランクされている汎用スーパーコンピュータより理論ピーク性能で約3倍相当のスピードをもつ。

　同システムは理研が開発した分子動力学シミュレーション専用LSIチップ「MDGRAPE-3 チップ」を24個搭載したユニット201台、インテル製の「デュアルコア Xeon」5000番台コアを256個搭載した並列サーバー64台、Xeon 3.2GHzコアを74個搭載した並列サーバー37台を接続した大規模な構成。

　今回の成果は、横浜研究所（小川智也所長）ゲノム科学総合研究センター（榊佳之センター長）システム情報生物学研究グループ高速分子シミュレーション研究チームの泰地真弘人チームリーダー、成見哲研究員、大野洋介研究員らと日本SGIが共同研究に基づくシステム構築を行い、インテルが最新プロセッサの早期提供や、システムの最適化などへの技術支援を行った。

　理研では、今回構築した高速専用コンピュータシステムについて、新薬の開発期間の短縮に役立てられるほか、分子を構成するタンパク質の働きをシミュレーションで明らかにすることで、病気を引き起こす仕組みの解明などの重要なツールになると見ている。

独立行政法人理化学研究所＝http://www.riken.jp/
インテル＝http://www.intel.co.jp/jp/
日本SGI＝http://www.sgi.co.jp/

提供：BCN