高速塩基配列検索ソフトウェアGGGenomeパッケージ版 創薬基本パック2021年版提供開始

着目遺伝子ハイライト表示機能によりオフターゲット候補遺伝子リストの作成を簡単かつ正確に

株式会社レトリバ(本社:東京都新宿区、代表取締役 河原一哉、以下レトリバ)は、高速塩基配列検索ソフトウェア「GGGenome(ゲゲゲノム)※1パッケージ版」創薬基本パックに新たに「着目遺伝子ハイライト表示機能」を搭載した2021年版を2021年4月7 日より提供開始します。

■「GGGenomeパッケージ版」創薬基本パック2021年版についての詳細はこちら
https://gggenome.retrieva.jp/

GGGenomeパッケージ版は、大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター(以下DBCLS)の提供するGGGenomeウェブ版と同様の塩基配列検索を自社内のコンピュータ上で実施することが出来ます。
GGGenomeパッケージ版 創薬基本パックには、創薬研究に必要なヒト、マウス、ラットをはじめ創薬研究に必要な各種実験動物のゲノムや転写産物が幅広く含まれており、すぐに検索を実施することが可能です。

2021年版は、NCBI RefSeq、理研の公開する霊長類のオミックスデータベースD3G※2等の検索用データを更新し22種、37のデータベースを同梱し、新たにパッケージ版限定の機能として「着目遺伝子ハイライト表示機能」を搭載しました。

「着目遺伝子ハイライト表示機能」は、利用者があらかじめ用意した遺伝子リストとGGGenomeの検索結果を照合し、リスト内の遺伝子に対するヒットをハイライト表示する機能です。ウェブブラウザ上に表示するだけでなく、情報をファイルに出力して他のソフトウェアで利用することも可能です。

この機能の活用例として、核酸医薬品やゲノム編集のオフターゲット候補遺伝子の抽出があげられます。核酸医薬品やゲノム編集は、RNAあるいはDNAの特定の配列を直接標的とすることができる強力な手法ですが、本来の標的と類似した配列をもつ無関係な遺伝子(オフターゲット遺伝子)に対して意図しない影響を与える「オフターゲット効果」が課題のひとつとなっています。GGGenomeは高速かつ正確な塩基配列検索によってオフターゲット遺伝子の候補を抽出することができますが、それらの毒性リスクを効率よく評価するために、GGGenomeの検索結果から特定の遺伝子群(例:がん関連遺伝子)を抽出したいというニーズがありました。このたび追加された「着目遺伝子ハイライト表示機能」はそのようなニーズに応え、これまで手作業を要していた検索結果と遺伝子リストの照合が簡単かつ正確に行なえるようになりました。

■検索結果画面サンプル

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レトリバは自然言語処理AI技術でバイオインフォマティクスを支援していきます。

※1 GGGenomeは大学共同利用機関法人情報・システム研究機構の登録商標です。
※2 D3G: Database for Drug Development based on Genome & RNA sequences. https://d3g.riken.jp/

製品概要

製品名: 「GGGenomeパッケージ版」創薬基本パック2021年版
発売日:2021年4月7日
価格: 2,000,000円(税抜)
https://gggenome.retrieva.jp/

GGGenomeについて

GGGenomeは、ゲノムや転写産物などの塩基配列を簡便かつ高速に検索することのできるソフトウェアです。
ウェブブラウザ上で利用できるツールとしてDBCLSより公開されており、商用・非商用を問わず無償で自由に利用することができます(GGGenomeウェブ版https://GGGenome.dbcls.jp/)。
内部の文字列検索エンジンをレトリバが開発しており、ゲノムや転写産物などの塩基配列データから生成した接尾辞配列(suffix array)およびFM-indexとよばれる検索インデックスを、高速な補助記憶装置であるSSD上に配置することにより、高速で見落としのない検索を実現しています。

会社情報
【株式会社レトリバについて】
株式会社レトリバは「AI技術でコトバの森を活用し、企業の生産性向上に貢献する」をミッションとし、テキストデータを効果的に活用するためのソフトウェア群を提供しています。自然言語処理、機械学習、深層学習をコアテクノロジーとして検索・分類・抽出を行うソリューションを提供しています。
所在地:東京都新宿区西新宿2-1-1 新宿三井ビル36階
代表者:代表取締役 河原 一哉
資本金:1億円
事業内容:自然言語処理及び機械学習を用いたソフトウェアの研究・開発・販売・導入およびサポート
コーポレートサイト:https://retrieva.jp/

【本リリースに関するお問い合わせ先】
株式会社レトリバ
製品企画部 広報 市原
E-mail: pr@retrieva.jp

リリース詳細
提供元: PR TIMES